De ziekte van Lyme is een bacteriële infectie en er wordt daarom gekozen voor een antibioticumbehandeling. Bij een vroeg stadium is de ziekte van Lyme goed te behandelen met antibiotica. De antibiotica wordt 30 dagen gebruikt, dat is voldoende om de Lyme-bacteriën te doden.

Na de antibioticum behandeling hebben mensen vaak nog klachten of een korte tijd niet en krijgen de klachten later weer terug. Er wordt dan een onderzoek gedaan naar de Lyme- bacteriën of ze dood zijn, als de bacteriën zijn gedood en nog steeds de klachten hebt wordt het een achter Lyme- syndroom genoemd.

Bij het niet behandelen van het vroege stadium van de ziekte kan dit voor de volgende klachten veroorzaken: gewrichtsklachten, huidklachten, zenuwklachten of hartklachten. Latere stadia zijn ook te behandelen met antibiotica, maar het kan zijn dat er wel schade is ontstaan door de ontseking.